Theo văn bản của Bộ Xây dựng, Khu di sản Quần thể danh thắng Tràng An có diện tích 6.226ha, bao gồm một phần diện tích của 12 xã thuộc 05 huyện, thị xã, thành phố của tỉnh Ninh Bình là: Trường Yên, Ninh Xuân, Ninh Vân, Ninh Thắng, Ninh Hải, Ninh Hòa (huyện Hoa Lư); Gia Sinh (huyện Gia Viễn); Sơn Lai, Sơn Hà (huyện Nho Quan); Yên Sơn (thị xã Tam Điệp); Ninh Nhất, Ninh Tiến (thành phố Ninh Bình).
Vùng đệm bao quanh Khu di sản có diện tích 6.026ha, bao gồm một phần diện tích của 20 xã, phường của 05 huyện, thị xã, thành phố của tỉnh Ninh Bình là: Trường Yên, Ninh Xuân, Ninh Vân, Ninh Thắng, Ninh Hải, Ninh Hòa, Ninh Giang, Ninh Mỹ, Ninh An (huyện Hoa Lư); Gia Sinh, Gia Trung, Gia Tiến (huyện Gia Viễn); Sơn Lai, Sơn Hà, Quỳnh Lưu (huyện Nho Quan); Yên Sơn, Yên Bình (thị xã Tam Điệp); Ninh Nhất, Ninh Tiến, Ninh Phong (thành phố Ninh Bình).
Quần thể Tràng An nhìn từ trên cao.
Về định hướng phát triển không gian Khu di sản quần thể danh thắng Tràng An, Bộ Xây dựng đề xuất: Vùng cấm xây dựng, có diện tích 3.460ha bao gồm các khu vực cảnh quan thiên nhiên cần bảo vệ đặc biệt nghiêm ngặt, các khu vực di tích cần bảo vệ nghiêm ngặt và các khu vực bảo tồn - sử dụng bền vững đan xen.
Nghiêm cấm mọi hành động làm thay đổi hình dáng núi đá, phá huỷ và làm thay đổi thảm thực vật trên đó; nghiêm cấm đục phá hang động, núi đá vôi có hang động làm ảnh hưởng đến những yếu tố gốc của hang động; nghiêm cấm san ủi, đào đất mặt bằng hang, làm ảnh hưởng đến tầng văn hóa, giá trị cơ bản của di sản; nghiêm cấm việc sử dụng hang động để làm nơi chăn thả gia súc hoặc làm dịch vụ; nghiêm cấm chặt phá rừng và săn bắt động vật. Nghiêm cấm việc đổ chất thải công nghiệp, nông nghiệp, chất thải sinh hoạt và các loại chất thải khác vào Khu di sản.
Đối với vùng hạn chế xây dựng, Bộ Xây dựng yêu cầu: Cần kiểm soát đặc biệt nghiêm ngặt diện tích 2.766ha, bao gồm các khu vực dành cho phát triển du lịch, các khu vực làng, xã có dân cư sinh sống và cảnh quan nông nghiệp xung quanh.
Là vùng bảo vệ nghiêm ngặt, có dân cư sinh sống và cho phép các hoạt động du lịch (không cho lưu trú), các hoạt động xây dựng phục vụ xây dựng cơ sở hạ tầng, cải tạo nhà ở được phép tiến hành, nhưng ở mức độ hạn chế và phải được kiểm soát đặc biệt nghiêm ngặt để không ảnh hưởng đến di sản.